Sąd Okręgowy w Krakowie dzieli się na Wydziały i Oddziały w następujący sposób:

Wydział I Cywilny (I instancja),

Wydział II  Cywilny - Odwoławczy,

Wydział III Karny (I instancja),

Wydział IV Karny-Odwoławczy,

Wydział V Penitencjarny,

Wydział VI Pracy,

Wydział VII Ubezpieczeń Społecznych ,

Wydział VIII Ubezpieczeń Społecznych,

Wydział IX Gospodarczy,

Wydział X Wizytacyjny,

Wydział XI Cywilny-Rodzinny,

Wydział XII Gospodarczy-Odwoławczy,

Oddział Administracyjny,

Oddział Finansowy,

Oddział Gospodarczy,

Oddział Informatyczny,

Oddział Inwestycji i Remontów,

Oddział Kadr,

Oddział ds. Ochrony Informacji Niejawnych,

Ośrodek Migracyjny Ksiąg Wieczystych.